Alur Cerita
Pada tahun 2019, Lincoln (Ewan McGregor) adalah seorang penduduk sebuah komunitas kecil utopia (Biotech) di bawah tanah, yang memiliki fasilitas sangat canggih serta lingkungan yang teratur dan terkontrol. Sama seperti penghuni lain komunitas tersebut, Lincoln berharap dirinya dapat memenangkan lotere yang akan membuatnya terpilih untuk pergi ke sebuah daerah yang dianggap sebagai surga dunia di Bumi yang bebas dari patogen, tempat yang belum tercemar dinamakan "The Island", dimana komunitas sesamanya yaitu Starkweather (Michael Clarke Duncan) dan Lima (Siobhan Flynn) telah mendapatkannya.
Lincoln selama beberapa hari terakhir mendapati dirinya selalu bermimpi aneh. Selain memimpikan seorang gadis yang juga salah satu dari penghuni Biotech bernama Jordan (Scarlett Johansson), ia juga memimpikan berada di perahu dengan tulisan 'Renovatio' yang ia tidak mengerti artinya menuju ke Pulau dan juga bermimpi dirinya tenggelam. Lincoln menceritakan mimpinya itu kepada pemilik dari Biotech tersebut; Dr. Merrick (Sean Bean). Prihatin tentang mimpi aneh Lincoln, Merrick melakukan tes pemeriksaan otak sinapsis dengan memasukkan sensor mikro ke dalam tubuh Lincoln untuk memantau kegiatan syaraf optiknya, yang dapat menyampaikan statusnya selama 24 jam ke depan.
Sementara itu, Lincoln diam-diam ke tempat konstruksi diluar gedung Biotech dan menemui temannya yang bertugas sebagai teknisi, McCord (Steve Buscemi). Ditempat itu, Lincoln menemukan seekor serangga yang masih hidup yang masuk dari saluran ventilasi gedung Biotech. Hal ini mengherankan karena menurut cerita, tak ada lagi kehidupan di luar komunitas tersebut. Lincoln lalu menyimpulkan bahwa dunia luar tidak terkontaminasi.
Lincoln yang sejak semula memang sangat ingin tahu berusaha mencari jalan keluar dengan mengikuti serangga tersebut, di mana dia menyaksikan Starkweather dan Lima, dua orang penghuni Biotech yang telah memenangkan lotere ke The Island dibunuh di ruangan Sektor Medis. Lima dibunuh dengan suntikan setelah melahirkan dan bayinya diberikan kepada pasangan yang membutuhkan anak. Dan Starkweather dibunuh dengan mengambil organ hatinya untuk jaringan pencangkokan. Lincoln pun menyadari bahwa tidak ada yang namanya The Island, dan orang-orang yang pergi ke pulau tersebut tidak pernah kembali karena mereka mati. Ia pun langsung kembali ke Biotech untuk menyelamatkan Jordan yang baru saja memenangkan lotere. Merrick menemukan bahwa Lincoln telah mengetahui kegiatan di ruangan tersebut, dan segera saja ia menjadi buron. Lincoln dan Jordan segera mencari jalan keluar dari Biotech.
Lincoln dan Jordan belajar bahwa kontaminasi yang ada di dunia luar dan The Island adalah cuma mitos. Merrick kemudian menyewa petugas keamanan bayaran dari Perancis; Albert Laurent (Djimon Hounsou), untuk membunuh atau menangkap mereka berdua. Lincoln dan Jordan melarikan diri melintasi padang tandus seraya menyadari bahwa ternyata ada kehidupan di luar komunitas tempatnya selama ini. Mereka kemudian bertemu McCord ditempat itu.
McCord kemudian memberitahu kalau mereka berdua merupakan hasil kloning, tiruan dari manusia. Semua kloning adalah investasi dari orang-orang kaya supaya orang-orang ini dapat hidup lebih lama dengan tubuh yang lebih baik. Itu sebabnya pola hidup komunitas Biotech diatur sedemikian rupa sehingga kondisi tubuh mereka benar-benar terjaga. Perusahaan Biotech ini juga sangat rahasia, dengan menggunakan tempat terpencil untuk menutup diri dari dunia, sehingga tak seorang pun tahu khususnya para sponsor yang menginvestasikan uang mereka untuk para klon tersebut, kecuali para karyawannya. Masa lalu para komunitas Biotech adalah modifikasi dari program komputer yang ditanami ingatan sehingga setiap komunitas hanya memiliki ingatan sebagian saja yang mereka kira sebelum adanya kontaminasi.
McCord membantu Lincoln dan Jordan menuju stasiun kereta api, dan memberi mereka nama-nama sponsor mereka di Los Angeles. Setelah Laurent menemukan dan membunuh McCord, Lincoln dan Jordan naik kereta menuju LA dengan harapan menemukan sponsornya masing-masing. Sponsor Jordan adalah model terkenal Sarah Jordan, yang tidak bisa membantu karena dalam keadaan koma setelah mengalami kecelakaan mobil. Dan sponsor Lincoln adalah Tom Lincoln, seorang pemilik perusahaan speedboat yang pernah di impikan Lincoln, dimana Tom setuju untuk membantu mengungkap kebenaran tentang pengambilan organ yang dilakukan oleh perusahaan Biotech, tapi diam-diam Tom berbalik melawan klon-nya ketika Merrick memberitahu tentang Lincoln. Merrick kemudian mengirim Laurent ke lokasi, tapi Lincoln melakukan triknya kepada Laurent yang salah menembak mati Tom.
Lincoln yang dipercaya adalah Tom, dihubungi anak buah Merrick untuk mengatakan bahwa perusahaan memerlukannya lagi untuk menetaskan kloning baru-nya karena telah terjadi kesalahan dalam proses pembuatan kloning sebelumnya. Lincoln mengetahui bahwa seluruh kloning akan dimusnahkan, dia bertekad untuk menyelamatkan mereka, dan Lincoln menyanggupi untuk kembali datang ke komunitasnya. Lincoln dan Jordan kemudian merencanakan untuk membebaskan sesama klon-nya.
Menyamar sebagai Tom, Lincoln kembali ke komunitas Biotech dalam rangka untuk menghancurkan proyektor hologram yang menghalangi dunia luar dari para komunitas. Dengan bantuan dari Laurent yang telah sadar karena mengetahui rencana Merrick dengan memperlakukan klon seolah-olah mereka bukan manusia, Merrick akhirnya terbunuh oleh Lincoln dan para komunitas klon dibebaskan.
